Existem muitos métodos de extração comumente usados na medicina chinesa. A extração da medicina chinesa com diferentes componentes químicos deve escolher o método adequado. Os métodos de extração comuns incluem: extração com água, extração com solvente orgânico, extração com solvente orgânico ácido ou alcalino, destilação a vapor, hidrólise enzimática ou inibição da hidrólise enzimática, tratamento químico, extração por sublimação, extração supercrítica, extração ultrassônica, extração assistida por microondas.
A maior parte da extração da medicina chinesa usa processos de extração, como extração por agitação ou extração dinâmica por circulação de bomba, porque a agitação e a extração com solvente fluido podem melhorar o efeito de extração e a velocidade de extração. Devido ao aumento na diferença de concentração e à pressão na extremidade interna do capilar do material medicinal ser maior do que a pressão na extremidade externa, o extrato dentro do material medicinal flui continuamente através do capilar para o solvente.